Jacques Saint-Pierre s'est intéressé à l'histoire de la Nouvelle-France ainsi qu'à celle des régions du Québec et, plus récemment, de l'urbanisation. Il a aussi participé à des projets de recherche sur l'histoire de l'éducation, du travail, de la coopération et des institutions financières. Il est l'un des auteurs de l'Histoire de la Côte-du-Sud et de l'Histoire de Laval. Il a publié également Les chercheurs de la mer et Histoire de la Coopérative fédérée de Québec. L'industrie de la terre. Il a, en outre, signé ou cosigné cinq titres de la collection « Aux limites de la mémoire » aux Publications du Québec et a collaboré à la recherche iconographique de plusieurs ouvrages. Il est membre du comité de rédaction de la revue Cap-aux-Diamants.